Audacity speichert Projekte in einer .aup-Datei. Dieses Format ist geschwindigkeits-optimiert, um Audacity-Projekte so schnell als möglich lesen und schreiben zu können. Um diese Geschwindigkeit zu erreichen teilt Audacity die Tondaten in viele kleine Stücke und speichert diese in einem zum Projekt gehörigen _data-Ordner. Das AUP-Format basiert auf dem XML-Format und unterliegt daher keinen Einschränkungen. Es ist jedoch nicht von anderen Tonbearbeitungsprogrammen lesbar. Sollen Audacity-Projekte in anderen Tonbearbeitungsprogrammen verwendt werden muss mit "Mehrere Dateien exportieren..." im Datei-Menü jede Spur als einzelne Datei exportiert werden.
WAV ist das (unkomprimierte) Windows Standard-Tondateiformat. Da es sehr verbreitet ist kann es auch von vielen Tonbearbeitungsprogrammen auf anderen Rechnersystemen gelesen werden. Audacity kann dieses Format lesen und schreiben.
AIFF ist das (unkomprimierte) Apple-Macintosh Standard-Tondateiformat. Es ist nicht ganz so verbreitet wie das WAV-Format kann aber auch von den meisten Tonbearbeitungsprogrammen auf anderen Rechnersystemen gelesen werden. Audacity kann dieses Format lesen und schreiben.
AU ist das Standard-Tondateiformat auf Sun und NeXT-Systemen. Es ist gewöhnlich leicht komprimiert und kein sehr hochwertiges Tondateiformat. Es war aber das erste Format das im Internet verbreitet war und wird auch heute dort noch z.B. für Webseiten-Soundeffekte benutzt.
MP3 ist das im Internet heute weitverbreitetste Tondateiformat. Es erlaubt Kompression von 10:1 ohne nennenswerten Qualitätsverlust. Audacity kann MP3-Dateien lesen und schreiben. Da das MP3-Verfahren jedoch patentrechtlichen Bestimmungen unterliegt verwendet Audacity zum Export von MP3-Dateien einen externen Encoder. Mehr dazu unter MP3 Export.
Ogg Vorbis ist eine freie Alternative zu MP3. Es ist noch nicht ganz so verbreitet wie MP3, unterliegt aber keinen patentrechtlichen Bestimmungen und erlaubt ähnliche Kompressionsfaktoren bei annähernd gleicher Qualität. Audacity kann dieses Format lesen und schreiben.